{"id":56819,"title":"Wissenschaftler / Bioinformatiker (m/w/d)","company":"Universitätsklinikum Jena","city":"Jena","region":"Thüringen","location":"07747 Jena","work_model":"unknown","employment_type":"full_time","employment":["full_time"],"roles":["software"],"visa":"not_mentioned","relocation":"not_mentioned","posted_at":"2026-10-27T00:00:00+00:00","tools":["CI/CD","Linux","Bash","Git","GitLab","GitHub","Bitbucket","GitLab CI"],"seniority":"mid","years_experience_min":2,"german_requirement":"not_mentioned","german_level":"unspecified","english_requirement":"required","english_level":"unspecified","team_language":"unknown","confidence":0.4,"method":"rules","language_badge":"Not stated","language_evidence":null,"requirements_snippet":null,"url":"https://www.arbeitsagentur.de/jobsuche/jobdetail/10001-1003919073-S","source":"bundesagentur","agency":null,"description_text":"### Das sind Ihre Aufgaben:\n\n- Aufbau, Weiterentwicklung und Pflege von Software und Analysepipelines zur Verarbeitung von Next-Generation-Sequencing-(NGS)-Daten\n- Entwicklung, Implementierung und Validierung bioinformatischer Workflows für wissenschaftliche und diagnostische Fragestellungen\n- Automatisierung von Analyse-, Test- und Deployment-Prozessen sowie Weiterentwicklung der hierfür eingesetzten Entwicklungs- und Betriebsumgebungen\n- Einsatz und Integration moderner DevOps-Strukturen, insbesondere für Versionsverwaltung, CI/CD, Containerisierung, Monitoring und automatisierte Bereitstellung von Anwendungen\n- Administration und technische Betreuung Linux-basierter Serversysteme und bioinformatischer Anwendungen\n- Verantwortung für Hard- und Software diagnostikrelevanter Systeme und Geräte in enger Zusammenarbeit mit der klinikinternen IT-Abteilung\n- Analyse, Verarbeitung und Interpretation großer genomischer Datensätze im wissenschaftlichen und diagnostischen Kontext\n- Dokumentation von Software, Analyseworkflows und technischen Prozessen unter Berücksichtigung der Anforderungen eines diagnostischen Umfelds\n\n###\n\n### Darauf kommt es uns an:\n\n- erfolgreich abgeschlossenes Studium der Bioinformatik, Informatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung\n- sicherer und selbstständiger Umgang mit mindestens einer Programmiersprache; vorhandener Code soll unabhängig von KI-gestützten Werkzeugen entwickelt, verstanden, geprüft und weiterentwickelt werden können\n- gute Kenntnisse im Umgang mit Linux-Systemen und der Kommandozeile sowie Erfahrung mit Bash/Shell-Skripten\n- sicherer Umgang mit Git und Erfahrung mit einer Plattform zur kollaborativen Softwareentwicklung, z. B. GitLab, GitHub oder Bitbucket\n- Verständnis moderner Softwareentwicklungs- und DevOps-Prozesse sowie Erfahrung in mehreren der folgenden Bereiche:\n- CI/CD: automatisiertes Bauen, Testen und Bereitstellen von Software, z. B. mit GitLab CI/CD, GitHub Actions oder Jenkins\n- Containerisierung: insbesondere Podman bzw. vergleichbare Containertechnologien\n- Automatisierung: Automatisierung wiederkehrender Analyse-, Test-, Deployment- und Administrationsaufgaben\n- Linux- und Serveradministration\n- Monitoring und Logging: z. B. Prometheus, Grafana oder ELK\n- Netzwerkgrundlagen: insbesondere DNS, HTTP/HTTPS, TCP/IP und Reverse Proxies\n- Cloud-Technologien: z. B. AWS, Microsoft Azure oder Google Cloud\n- Infrastructure as Code: z. B. Terraform oder Ansible\n- Security/DevSecOps: Berücksichtigung von Sicherheitsaspekten innerhalb von Entwicklungs-, Test- und Deployment-Prozessen\n- grundlegendes Verständnis molekulargenetischer Zusammenhänge bzw. die Bereitschaft, sich intensiv in diese einzuarbeiten\n- gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift\n- ausgeprägte Zuverlässigkeit und Genauigkeit sowie ein hohes Verantwortungsbewusstsein\n- selbstständige, strukturierte und lösungsorientierte Arbeitsweise sowie gute kommunikative Fähigkeiten\n\nNicht alle der folgenden Kenntnisse werden vorausgesetzt. Erfahrungen in einzelnen Bereichen sind jedoch von Vorteil:\n\n- Kenntnisse in der objektorientierten Softwareentwicklung\n- Erfahrung mit weiteren Programmiersprachen und Skriptsprachen, z. B. Java, Python, R, PHP oder Perl\n- Kenntnisse in Webtechnologien und Frameworks, z. B. Laravel/PHP, React, jQuery oder in einem vergleichbaren bzw. moderneren Technologie-Stack\n- Erfahrung mit Workflow-Sprachen und Workflow-Management-Systemen, z. B. WDL\n- Kenntnisse relationaler Datenbanksysteme, insbesondere MySQL/MariaDB\n- Erfahrung im Umgang mit großen Datenmengen und entsprechenden Speicher- und Datenmanagementkonzepten\n- Kenntnisse in paralleler bzw. verteilter Datenverarbeitung\n- Erfahrung mit NGS-Analysepipelines und gängigen bioinformatischen Werkzeugen\n- Erfahrung im molekulargenetischen bzw. humangenetischen Diagnostikumfeld\n\n###\n\n### Wir bieten Ihnen noch mehr:\n\n- Teamvielfalt mit gemeinsamer Haltung: Zusammenarbeit mit unterschiedlichsten Berufsgruppen und Persönlichkeiten – verbunden durch Verantwortungsbewusstsein, Pragmatismus und den gemeinsamen Auftrag, die Versorgung am UKJ zu unterstützen.\n- Begegnung & Austausch im Alltag: Mehrere Cafeterien als soziale Treffpunkte für kurze Pausen, Austausch über Berufsgrenzen hinweg und kleine Auszeiten im Arbeitsalltag.\n- Stabilität mit Sinn: Öffentlicher Arbeitgeber mit verlässlichen Strukturen, transparenten Rahmenbedingungen und dem guten Gefühl, Teil von etwas gesellschaftlich Relevantem zu sein.\n- Gesundheit & Wohlbefinden: Betriebliches Gesundheitsmanagement, Präventions- und Sportangebote sowie regelmäßige Team Events\n\nKennziffer: 298/2026\n\n\\* Befristet für einen Zeitraum von 2 Jahren mit Option auf Verlängerung.\n\n*Unabhängig von Herkunft, Alter, Geschlecht oder* [*Behinderung*](https://www.uniklinikum-jena.de/Beruf+_+Karriere/Bewerberguide+_+Hinweise/Schwerbehinderte+Bewerbende.html) *– bei uns am Universitätsklinikum Jena sind Sie willkommen.*","responsibilities_text":null,"requirements_text":null,"status":"open","duplicate_of":null,"first_seen":"2026-11-02T16:09:32.417151+00:00","responsibilities_summary":null,"requirements_summary":null,"all_tools":["CI/CD","Linux","Bash","Git","GitLab","GitHub","Bitbucket","GitLab CI","GitHub Actions","Jenkins","Prometheus","Grafana","ELK Stack","AWS","Azure","Google Cloud","Infrastructure as Code","Terraform","Ansible","Java","Python","R","PHP","Perl","Laravel","React","jQuery","MySQL"],"posting_language":"de","evidence":[{"language":"english","requirement":"required","quote":"gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift","source":"rules"}],"years_experience_max":null,"mobility_evidence":[],"model_version":"rules-8","english_badge":"English required","company_id":null}